Den omtales tidligt som nyttehave til Elefant Apoteket. Efter 1850 blev den brugt til rekreative formål. I 1937 blev den omskabt til offentlig park.

Apotekerhaven hører med til udviklingen fra klosterhave til apotekerhave.
I Apotekerhaven ligger Elefantapotekets Tepavillon som blev genopført af Holbæk Museum i 2000, tæt på dens oprindelige placering i Apotekerhaven.