Ebeltoft kirke omtales første gang i året 1458, men kaldes da blot et kapel. Under de arkæologiske undersøgelser gennemført ved restaureringen i 1983 fandt man imidlertid mønter fra 1200-tallet.

Samtidig har undersøgelser af fundamentrester under kirkens to østligste fag vist, at allerede før Ebeltoft i 1301 fik sine købstadsrettigheder, har der ligget en mindre kirke her. Kirken har haft fire fag, med et smallere kor end det ses i dag, men med et skib i den nuværende bredde.