Slotskirken er en rest af det tidligere Skanderborg Slot, som blev endeligt nedbrudt i 1770.
 
I 1562-63 ombyggede Kong Frederik d. 2. middelalderborgen på Slotsholmen til en moderne fæstning. På grund af rigets økonomiske problemer valgte kongen at tage ophold i Skanderborg. Derfor blev der i 1572 indrettet slotskapel i den nyopførte kongefløj, der samtidig blev forhøjet med to stokværk. Slottet fungerede som bolig for kongefamilien i adskillige år og bl.a. kan det nævnes, at Chr. d. 4. lærte såvel sømandsskab som ridekunsten her i Skanderborg.

Den nuværende kirke består af et langhus med et rundt tårn med kegleformet, kobbertækket spir. Tårnet var oprindeligt et af slottets flankeringstårne.

Under kirken i slottest gamle vinkælder er der indrettet krypt med fire glasmosaikker af billedhuggeren V. Foersom Hegndal.

I kirken kan man stadig se meget af det oprindelige inventar i fornem højrenæssance.

Døbefonten fra 1850 er udført efter tegning af Bindesbøll.

På Slotsbanken, som tilhører De kongelige haver, ses Thorvaldsens buste af Frederik d. 6.