Slotskirken er en del af Frederiksborg Museet, men fungerer også som sognekirke, og er derfor lukket for besøgende under kirkelige handlinger.
Kirken var de enevældige kongers kroningskirke og er stadig Ordensgalleri med Elefantriddernes og Storkorsriddernes våbenskjolde.
Slotskirken har 3 orgler:
Compenius Orglet er det ældste, bygget i 1610 og skænket Christien IV af sin søster Hertuginden af Braunschweig-WolfenBüttel. Der spilles på det hver torsdag fra 13.30 til 14.00.
Marcussen Orglet er bygget i 1863/64 som erstatning for det gamle orgel som blev ødelagt ved branden i 1859.
Andersen orglet er bygget i 1972 af Poul Gerhard Andersen.