Helligaandskirken var oprindeligt en katolsk klosterkirke, men blev efter Reformationen i 1537 indviet til protestantisk sognekirke. Selve bygningen blev i 1728 raseret af en ildebrand, som ødelagde interiør, men ikke det tilstødende Helligaandshus, som idag bruges til udstillinger og som d.d. er ældst bevarede Middelalderbygning i København. Efter branden genindviedes kirken i 1732, hvorfor det interiør, man ser idag er fortrinsvis barok.