Karise Kirke hører vi om første gang i sagnet om fru Marthe. Hendes ejendom, Karisegaard, bliver ødelagt af vendiske sørøvere. Fru Marthe søger tilflugt i et kammer over koret i Karise Kirke, hvor hun forbliver til gården er genopbygget.
 
Den første skriftlige dokumentation får vi i stormanden Peder Olufsen af Karises testamente fra 1261, hvor han skænker 12 mark til indvielse af "Min Kirke i Karise".
Han er en betydningsfuld mand, for blandt testamentets eksekutorer er ingen ringere end ærkebiskoppen af Lund og bispen af Roskilde. Til Nikolai Kirke i København testamenterer han "Alle både, som jeg har liggende i samme by". Peder Olufsen har afgivet korstogsløfte, som han nu ikke kan indfri, og derfor betaler sig fra med 100 mark sølv.
Hans testamente oversat til nudansk hænger i Karise kirke.

Den kirke som indvies i 1261, er bygget som en fæstningskirke, hvilket er meget sjældent. Men kirken ligger også tæt ved flere vandløb, som på den tid er sejlbare.

I perioden 1766-69 opføres slægten Moltkes gravkapel ved siden af kirken, som ligger centralt for slægtens besiddelser.

Karise Kirke er et sjældent eksempel på, at både kor, skib og tårn er
opført samtidig - iflg. skriftlige kilder o. 1261 - i overgangsperioden
mellem romansk og gotisk byggestil. Usædvanligt er det, at koret
rager op over skibet, men det mest iøjnespringende er imidlertid
gravkapellet over slægten Moltke, der er tilbygget 500 år senere.
Endelig er der en sengotisk tilbygning mod nord, nemlig det bælte-
murede våbenhus fra o. 1500. Tårnets øverste del er også
fra denne periode.