Bygget under Christian IV Mindestuerne er indrettet i den gamle oprindelige enetages længe fra Christian IVs tid. Her fortælles om livet i Nyboder, og man kan opleve de beskedne forhold, hvorunder en nyboderfamilie levede ved 1900-tallets begyndelse. Nyboders Minde Det lille museum drives af foreningen Nyboders Minde, der består af medlemmer med tilknytning til Nyboder. Foreningen har i samarbejde med Nyboders Kommandantskab og Orlogsmuseet fået rådighed over to boliger i den gamle længe, som bruges til museum og ankomstfaciliteter med bla. en model over Nyboder samt en nybygget skolestue i gården. Med støtte fra A.P. Møller Museet og ankomstfaciliteterne samt skolestuens renovering og nybygning er bekostet af A.P. Møllers Støttefond med 1,6 mio.kro. og det er muligt at modtage skolegrupper og foreningsbesøg m.v. til en fremvisning af boligen og et foredrag efter forudgående aftale.