Siim Mose udfylder en stor lavning i det kuperede morænelandskab øst for Gudenåens smeltevandsdal. Erosionskløfter fra lavningen til Gudenådalen, tyder på, at her har ligget en blok af dødis, der langsomt smeltede. Tilbage blev en mindre sø, der siden er groet til i spagnum-mosser og andre planter, hvis ophobede rester i dag udgør tørven i mosen.

Oltidshøje ved Lynghoved, Brunhøj, Maglehøj m.fl. vidner om bosætning omkring mosen i bronzealderen.

Inden byudviklingen for alvor tog fart, blev Siim Mose anvendt landbrugsmæssigt. Grundvandsstanden blev sænket, så arealerne kunne udnyttes til dyrkning, græsning og høslet m.v. Sidenhen blev mosen udligningsbassin for overfladevand fra Industriområde Øst.

Siden 1990 er vandstanden atter blevet hævet og der er blevet anlagt stier. Den hævede vandstand bedre betingelserne for frøer og salamandre, hvilket igen tiltrækker en række fugle og dyr, der lever af bl.a. padder. Desuden er vandstanden medvirkende til at dele af mosen friholdes for højere vækster som træer og buske.